川跡（かわと）地区の東端には、出雲平野を形成した斐伊川が中国山地から宍道湖へと流れています。斐伊川は、国が管理する一級河川で、下流域は全国でも希な天井川です。これは、上流域でのたたら製鉄のための砂鉄採取の鉄穴流し（かんなながし）によるものです。

斐伊川は、出雲風土記（天平5年（733）完成）では「出雲大川（いずものおおかわ）」と呼ばれ、出雲平野を西に流れて神門水海（かんどのみずうみ）（現在の神西湖の前身）に注いでいると書かれています[1][2]。

また、古事記の「八岐大蛇/八俣遠呂智（やまたのおろち）伝説」にもあるように、古来から氾濫を起こして、流域に多大な被害をもたらし恐れられていました[2][4]。

現在のように宍道湖へ流れるようになったのは、江戸時代（寛永年間 1624-1644）に松江藩主京極若狭守忠高が堤防を築く大規模な治水工事を行ってからです。

なお、堤防は次の藩主松平直政の時代に完成しました。このことから、斐伊川の武志（たけし）土手は若狭（わかさ）土手と呼ばれています[5][6]。なお、風土記編纂の頃から現在までの長い間には、斐伊川は西や東への流路（河道）があったことがわかっています[2][3]．

昔から斐伊川の流水は農業用水として利用されていました。現在、川跡地区の農業用水路には、竿井手（さおいで）川、上井手（わいで）川、周井手（しゅういで）川、登立（のぼりたて）用水路があります。取水には武志大樋と登立樋門があります。しかし、 天井川であるため、流水の多くが伏流水となり、用水確保が重要な課題でした。このため、堤防沿いに小さな盛土を設け、表流水や伏流水を受けて取水する「鯰の尾（なまずのお）」と呼ばれる取水方法が江戸時代から続いています。この水路が斐伊川独特の景観を形成するとともに、生きものに適した多様な河川環境を作っています。中州や宍道湖への流入域などでは、渡り鳥の渡来・越冬地にもなっています。高水敷（コラム高水敷参照）では野鳥が生息、繁殖しています。